Οι παράκτιες περιοχές περιμετρικά του Κόλπου Καλλονής αποτελούν ένα ενιαίο οικολογικό σύστημα, καθώς στην περιοχή υπάρχει ένα μωσαϊκό αλιπέδων αλυκών, εκβολών μικρών ποταμών και χειμάρρων, καλαμιώνων, πευκοδάσους και ελαιώνων. Έτσι οι σχηματιζόμενοι υγρότοποι χρησιμεύουν ως καταφύγιο και τόπος αναπαραγωγής πολυάριθμων σπάνιων και προστατευόμενων ειδών πουλιών.

Συγκεκριμένα οι υγροβιότοποι περιλαμβάνουν όλο τον θαλάσσιο χώρο του Κόλπου και μεγάλο αριθμό χερσαίων υγροτόπων: τις αλυκές Καλλονής και Πολιχνίτου, τους χειμάρρους Τσικνιά, Βούβαρη, Μυλοπόταμο, Εννιά Καμάρες, Ποταμιά, Λιμνοθάλασσα των Μέσσων, το έλος της Σκάλας Καλλονής, των Παρακοίλων, της Νυφίδας, κ.ά. Η περιοχή του Κόλπου, έχει ενταχθεί στον Εθνικό & Ευρωπαϊκό Κατάλογο “Ειδικών Περιοχών Διατήρησης της Φύσης” του Δικτύου NATURA 2000″.

Η περιοχή φιλοξενεί 252 είδη πτηνών εκ των οποίων 87 είναι προστατευόμενα είδη. Τα τελευταία χρόνια η παρατήρηση των πουλιών (bird-watching) στον εν λόγω υδροβιότοπο αποτελεί έναν πόλο έλξης ενδιαφέροντος επισκεπτών επιστημόνων – φυσιολατρών.

Η συγκεκριμένη περιοχή παρουσιάζει ιδιαίτερο ενδιαφέρον, καθώς είναι κατάφυτη από πεύκα, ελαιόδεντρα, καλαμιώνες, μια μεγάλη ποικιλία από σπάνια είδη χλωρίδας, όπως ορχιδέας, και αυτοφυή φυτά, που μαζί με τις εγκαταστάσεις των αλυκών προσφέρουν άφθονη τροφή και φυσικά καταφύγια σ΄ όλους τους έμβιους οργανισμούς, συμβάλλει στη διατήρηση της βιοποικιλότητας, ενώ πέρα της οικολογικής σημασίας έχει οικονομική και αισθητική βαρύνουσα αξία για την Λέσβο.

The coastal areas around the Bay constitute a unified ecosystem, as this area is a mosaic of salt marshes, estuaries of small rivers and streams, reeds, pine forests and olive groves. So these wetlands give natural shelter and a breeding place for many rare and endangered bird species.

More specifically, the wetlands include the whole coastal area of the Bay and a great number of land wetlands: the salt marshes of Kalloni and Polichnitos, the torrents Tsiknias, Vouvaris, Mylopotamos, Ennea Kamares, Potmia, Lagoon of Messon, the marsh of Skala Kalloni, of Parakoila, of Nyfida , etc. The Bay has joined the National & European Catalog of “Special Areas of Nature Preservation” by Natura Net 2000.

The area gives shelter to 252 bird species, 87 of which are protected species. The last few years bird watching in this wetland attracts a lot of people, visitors, scientists, nature lovers, etc.

This area is particularly interesting because it is overgrown with pine trees, olive trees, reeds, a wide variety of rare species of flora such as orchids and native plants. All these along with the facilities of Salinas offer abundant food and natural shelters for all living organizations, contribute to the conservation of biodiversity, while beyond the ecological and economic significance there is also an aesthetic significance for Lesvos.