Η μικρή χερσόνησος της Φυκιότρυπας αποτελεί την ανατολική απόληξη του μικρού υψώματος πάνω στο οποίο είναι χτισμένο το Κάστρο της Μυτιλήνης.
Στην αρχαιότητα η περιοχή αποτελούσε μια μικρή νησίδα αποκομμένη από τη Λέσβο, με την οποία την διαχώριζε ένας μικρός θαλάσσιος δίαυλος. Η περιοχή καλύπτεται από λιμναία ιζήματα ηλικίας 1,8-5 εκατομμυρίων ετών (Πλειόκαινο – Πλειστόκαινο). Συγκεκριμένα αποτελείται από μαργαϊκούς ασβεστόλιθους γλυκών υδάτων, που περιέχουν απολιθώματα ασπόνδυλων οργανισμών όπως γαστερόποδα, ελασματοβράγχια και οστρακώδη. Η βόρεια ακτή της περιοχής οριοθετείται από ένα σημαντικό γεωλογικό ρήγμα με διεύθυνση Α-Δ, το οποίο απολήγει στην μικρή χερσόνησο της Φυκιότρυπας.
Η δράση του ρήγματος γίνεται ορατή πάνω στην λειασμένη επιφάνεια του, που τέμνει τα γεωλογικά στρώματα των πετρωμάτων της χερσονήσου στην θέση της Φυκιότρυπας. Ειδικότερα πάνω στην λειασμένη επιφάνεια του ρήγματος διακρίνονται γραμμώσεις ολίσθησης που μαρτυρούν την κίνηση που έλαβε χώρα πάνω της.
Στην κορυφή της μικρής χερσονήσου βρίσκεται ο φάρος της Φυκιότρυπας αποτελεί μνημείο καθώς, είναι ένας από τους ελάχιστους σωζόμενους φάρους που έχουν κατασκευαστεί στη διάρκεια της όγδοης δεκαετίας του 19ου αιώνα, και είναι ενταγμένος στο Ελληνικό Φαρικό Δίκτυο και έχει κηρυχθεί ως διατηρητέο μνημείο από το Υπουργείο Πολιτισμού.