Η ηφαιστειακή καλδέρα της Άγρας, με διάμετρο 6,5 χιλιόμετρα, είναι μια από τις νεώτερες ηφαιστειακές δομές της Λέσβου και βρίσκεται νότια από την παλαιότερή της καλδέρα της Βατούσας.
Το ηφαίστειο της Άγρας συνδέεται με τη νεώτερη ηφαιστειακή δραστηριότητα της Λέσβου η οποία ξεκίνησε πριν από 17 εκατομμύρια χρόνια. Διαδοχικές ηφαιστειακές εκρήξεις διαμόρφωσαν την καλά διατηρημένη καλδέρα.
Ο οικισμός της Άγρας είναι χτισμένος στη δυτική εσωτερική πλευρά της καλδέρας. Οι λόφοι που περιβάλλουν σήμερα την Άγρα αποτελούν τα όρια της καλδέρας.
Παρά το μεγάλο χρονικό διάστημα που πέρασε από την περίοδο που το ηφαίστειο ήταν ενεργό, διατηρεί καλύτερα από κάθε άλλη δομή το χαρακτηριστικό σχήμα της καλδέρας.
Νεώτερη τεκτονική δραστηριότητα δημιούργησε την έξοδο του υδρογραφικού δικτύου στη νότια πλευρά της καλδέρας που αποστραγγίζει την ηφαιστειακή λεκάνη.