Βρίσκεται στο βορειανατολικό τμήμα του νησιού σε 3 χλμ. από την πρωτεύουσα κοντά στον οικισμό της Θερμής στη θέση παλαιοχριστιανικής βασιλικής. Η πορεία της μονής διακρίνεται σε τρεις περιόδους α) από τον 10ο αι. έως το 1235, β) από το 1433 έως το 1463 και γ) από το 1962 έως σήμερα.
Την πρώτη περίοδο αποτελούσε γυναικεία μονή με ηγουμένη της Αγ. Ολυμπία και 30 μοναχές, οι οποίες όλες μαρτύρησαν από τους Σαρακηνούς πειρατές. Κατά τη δεύτερη περίοδο η μονή ήταν ανδρική αφιερωμένη στο γενέσιο της Θεοτόκου με ηγούμενο τον Άγ. Ραφαήλ και διάκονο τον Αγ. Νικόλαο. Την περίοδο αυτή είχαν καταφύγει και πολλοί κάτοικοι της Θερμής. Τότε έλαχε να επιτεθούν στο μοναστήρι οι Τούρκοι κατακτητές, να σκοτώσουν τους ιερωμένους και τους λαϊκούς και να καταστρέψουν το συγκρότημα του μοναστηριού. Την άγνωστη αυτή ιστορία την αποκάλυψε ο ίδιος Άγ. Ραφαήλ κατά τα μέσα του 20 αι. , ενώ η σκαπάνη και η αρχαιολογική έρευνα επαλήθευσαν τα ρηθέντα. Έκτοτε, το 1964 ξεκινάει η τρίτη περίοδος με την ανοικοδόμηση της μονής, την ίδρυση ξενώνων, ναών και με πολυσήμαντη προσφορά στην τοπική κοινωνία.
Το μοναστήρι του Αγ. Ραφαήλ προσελκύει χιλιάδες κόσμου που προσφεύγει καθημερινά στο μαρτυρικό εκείνο τόπο, ιδιαιτέρως δε τη Λαμπροτρίτη, ημέρα του μαρτυρίου των αγίων, οπότε γίνεται πάνδημος πανήγυρη.