Ο ναός του αγ. Θεράποντος είναι ο μεγαλύτερος του νησιού και αποτελεί κράμα βυζαντινού και γοτθικού ρυθμού με στοιχεία μπαρόκ. Βρίσκεται στην κεντρική αγορά της Μυτιλήνης, σε θέση όπου από τον 17ο αι. υπήρχε ένα μικρό παρεκκλήσι, το οποίο εξυπηρετούσε τις λειτουργικές ανάγκες του μοναδικού φιλανθρωπικού ιδρύματος όπου νοσηλεύονταν ασθενείς, ηλικιωμένοι, άστεγοι και ταξιδιώτες, το γνωστό «Ξενοδοχειό». Σύμφωνα με πληροφορίες ο πρώτος αυτός ναός είχε κτιστεί πάνω στα ερείπια αρχαίου οικοδομήματος, πιθανότατα ναού προς τιμήν του Απόλλωνα ή τη σχολή της ποιήτριας Σαπφούς.
Ο σημερινός ναός άρχιζε να χτίζεται κατά την Τουρκοκρατία. Συγκεκριμένα, οι εργασίες ξεκίνησαν το 1850 επί μητροπολίτου Μυτιλήνης Καλλινίκου Κυπαρρίση και εγκαινιάστηκε το 1935 επί μητροπολίτου Ιακώβου Α’. Αρχιτέκτονας ήταν ο διαπρεπής μυτιληνιός Αργύριος Κων. Αδαλής, μαθητής των Γερμανών αρχιτεκτόνων Χάνσεν και Τσίλλερ. Το τέμπλο και τα ξυλόγλυπτα του ναού φιλοτεχνήθηκαν το 1915 από το Δημήτριο Κόβαλα. Οι εικόνες του τέμπλου είναι έργο της αδελφότητος Ιωασαφαίων Αγ. Όρους και οι υπόλοιπες τοιχογραφίες του Βασιλείου Δαδάκη εξ Αδριανουπόλεως.
Πολύτιμος θησαυρός του ναού αποτελεί η μαρμάρινη σαρκοφάγος εντός της οποίας θησαυρίζεται το λείψανο του μητροπολίτου Ουγγροβλαχίας Ιγνατίου του Λέσβιου (1766-1828) αγωνιστού ιεράρχου κατά τα χρόνια της Τουρκοκρατίας.
Τέλος, ας σημειωθεί πως ο ναός ανακαινίστηκε τελευταία επί μητροπολίτου Μυτιλήνης Ιακώβου Γ’.