Η πρώτη περιοχή είναι ο Κόλπος της Καλλονής, ο οποίος περιλαμβάνει όλο τον θαλάσσιο χώρο του Κόλπου, καθώς και μεγάλο αριθμό χερσαίων υγροτόπων (αλυκές Καλλονής και Πολιχνίτου, χείμαρροι Τσικνιάς, Βούβαρης, Μυλοπόταμος, Εννιά Καμάρες, Ποταμιά, λιμνοθάλασσα των Μέσσων, κ.ά.). Η περιοχή έκτασης 18.311,18 ha, περιλαμβάνει ευαίσθητα οικοσυστήματα (στάσιμα νερά, ποταμοί, εκβολές, λασπώδεις ή αμμώδεις λιμνοθάλασσες, θαλάσσιες περιοχές, αλατούχες στέπες κ.ά).
Στην περιοχή φωλιάζουν ή διέρχονται είδη πτηνών που είναι απειλούμενα και/ή μη συνήθη για την Ελλάδα όσο και για την Ευρώπη. Ενδεικτικά αναφέρουμε τα: φαλαρίδες, αβοκέτες, πετροτριδίλες, καστανόχηνες, λευκοπελαργοί, ροζ φλαμίγκος, θαλασσοκόρακες κ.ά. Σημαντική είναι και η βλάστηση με την παρουσία του δάσους της Τραχείας Πεύκης και τα πολυάριθμα βούρλα και τις αρμυρήθρες που περιβάλουν τους υγροτόπους και τον κόλπο.