Ο κόλπος της Γέρας αποτελεί μια κλειστή λεκάνη με στενό στόμιο, η δημιουργία της οποίας οφείλεται σε συζυγή μεγάλα γεωλογικά ρήγματα με διεύθυνση ΒΔ-ΝΑ, στην ανατολική και τη δυτική πλευρά του κόλπου, δημιουργώντας ένα τεκτονικό βύθισμα.
Οι συνεχείς επαναδραστηριοποιήσεις των ρηγμάτων δημιουργούν απότομα πρανή και τεκτονικές αναβαθμίδες στο ανάγλυφο στην ανατολική πλευρά του κόλπου, που εκτείνονται προς νότο μέχρι την περιοχή του χωριού Λουτρά και προς Βορρά μέχρι το χωριό Πηγή. Ανάλογες δομές παρατηρούνται και στην περιοχή του χωριού Ιππειος, στην δυτική ακτή του κόλπου.
Τα ρήγματα του κόλπου της Γέρας έχουν ιδιαίτερη σημασία λόγω της εγγύτητάς τους με την πόλη της Μυτιλήνης. Το μέγιστο σεισμικό τους δυναμικό φτάνει τα 6,5 R.
Κατά μήκος των ρηγμάτων αυτών, αναβλύζουν θερμές πηγές στην περιοχή Θέρμα του Κόλπου Γέρας. Η θερμοκρασία του νερού είναι 39,7οC και οι πηγές ορίζονται ως χλωριονατριούχες. Στο νερό περιέχονται χλωριούχο αμμώνιο, βρωμιούχο νάτριο, νιτρικό κάλιο, χλωριούχο ασβέστιο, χλωριούχο μαγνήσιο κ.λπ.